Инициатива создания в столице современной клиники принадлежит Президенту страны Нурсултану Назарбаеву. По поручению главы государства, в Астане началось строительство Республиканской клинической больницы на 240 коек. Возводила объект британская компания «Фитцпатрик Контракторс» по подобию королевской клиники в Англии. Открытие состоялось в августе 2001 года. С того времени статус клиники менялся дважды: из Республиканской клинической больницы — в РГП (2003 г.), затем -в АО «Национальный научный медицинский центр» (2010 г).
С 2005 г. ННМЦ является штаб-квартирой Евро-Азиатского респираторного общества (ЕАРО). Благодаря этой деятельности, в 2007 г. Казахстан вошел в состав Глобального альянса по борьбе с респираторными заболеваниями (GARD) – подразделения Всемирной организации здравоохранения. В октябре 2007 г. Фонд «Ассамблея здоровья» при поддержке ВОЗ и Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации присвоил ННМЦ звание лауреата Международной премии в номинации «За вклад в развитие здравоохранения».
Для реализации стратегии развития кардиохирургической службы в Казахстане, в 2003 г. в Национальном научном медицинском центре была открыта служба кардиохирургии, где в апреле 2004 г. выполнили первую операцию на открытом сердце. Меньше чем через год, 28 февраля 2005 г., осуществили интервенционное вмешательство по установке коронарного стента. В 2008 г. были открыты отдел детской кардиохирургии и второй кардиохирургический отдел для взрослых, в 2010 г. появился отдел интервенционной кардиологии, в 2012 г. – отдел аритмологии.
Претворяя в жизнь стратегические цели по снижению смертности от болезней системы кровообращения, с 2009 г. центр координировал все кардиологические и кардиохирургические службы страны. Сотрудники ННМЦ содействовали открытию кардиоцентров во всех областях Казахстана и в двух крупных городах — в Астане и Алматы, осуществляя трансферт высоких технологий и подготовку кадров для новых клиник. Специалисты нашего центра разработали и внедрили стандарты ведения пациентов с острым коронарным синдромом.
С 2012 года в ННМЦ выполняются операции по трансплантации органов и клеток, решением FDA наш центр был внесен в базу безопасных клиник для проведения международных исследований. Понимая важность предоставления качественных медицинских услуг, ННМЦ стремится стать конкурентоспособным на мировом рынке и соответствовать всем международным стандартам качества в своей области, развивая и постоянно совершенствуя систему управления. В июне 2010 г. ННМЦ сертифицирован на уровень «Признанное совершенство — 4 звезды», а в ноябре 2012 г. — на уровень «Признанное совершенство — 5 звезд» модели EFQM.
Кроме того, в ННМЦ внедрены международные стандарты для диагностических лабораторий EQAS (USA)и национальные стандарты аккредитации для медицинских организаций. Центр одним из первых получил сертификат c результатом соответствия медицинских услуг на 98,7% по стандартам аккредитации Министерства здравоохранения и социального развития РК. В 2010 г. был открыт отдел телемедицины, который расширил географию партнерства, а в 2011 г. была внедрена корпоративная социальная ответственность.
В 2010 г. Европейское деловое сообщество и Торгово-промышленная палата Евросоюза признали ННМЦ «Лучшим предприятием Европы в области медицины», вручив соответствующий диплом. В 2012 г. ННМЦ стал обладателем Азиатской награды качества (ANQ, Гонконг), в 2014 г. — удостоен премии «Парыз» за внедрение новых технологий в сфере медицины, Европейской награды за лучшую практику (Брюссель) и Европейской награды за качество (Италия). В тот же год специалисты центра представили новые исследования в области применения HIFU терапии при лечении паразитарных заболеваний внутренних органов и получили Европейскую премию «За качественную инновацию».
Центр развивает и внедряет наиболее актуальные направления здравоохранения и медицинской науки Казахстана. Использование трансплантации различных видов стволовых клеток в рамках высокоспециализированной медицинской помощи позволяет решать сложные проблемы клиники внутренних болезней и хирургии. Решением FDA (США) ННМЦ внесен в базу безопасных клиник для проведения клинических международных исследований.