Мемлекет басшысының тапсырмасы бойынша Астанада 240 төсектік республикалық клиникалық аурухананың құрылысы басталды. Нысанды Англиядағы корольдік клиникаға ұқсас Британдық "Фицпатрик Контракторс" компаниясы тұрғызды. Ашылу 2001 жылдың қыркүйегінде өтті. Сол кезден бастап клиниканың мәртебесі екі рет өзгерді: Республикалық клиникалық ауруханадан — РМК-ға (2003 ж.), одан кейін - "Ұлттық ғылыми медициналық орталық" АҚ-ға (2010 ж.). 2005 жылдан бастап "ҰҒМО" АҚ Еуро-Азия респираторлық қоғамының (ЕАРО) штаб-пәтері болып табылады. Осы қызметтің арқасында 2007 жылы Қазақстан Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымының бөлімшесі – тыныс алу ауруларына қарсы күрес жөніндегі жаһандық альянстың (Gard) құрамына кірді. 2007 жылдың қазан айында "денсаулық сақтау Ассамблеясы" қоры ДДҰ мен Ресей Федерациясының Денсаулық сақтау және әлеуметтік даму министрлігінің қолдауымен "ҰҒМО" АҚ-на "денсаулық сақтауды дамытуға қосқан үлесі үшін"номинациясы бойынша Халықаралық сыйлықтың лауреаты атағын берді. Қазақстанда кардиохирургиялық қызметті дамыту стратегиясын іске асыру үшін 2003 жылы Ұлттық ғылыми медициналық орталықта кардиохирургия қызметі ашылды, онда 2004 жылдың сәуірінде ашық жүрекке алғашқы операция жасалды. Бір жылдан аз уақыт өткен соң, 2005 жылдың 28 ақпанында коронарлық стент орнату үшін интервенциялық араласу жүргізілді. 2008 жылы балалар кардиохирургиясы бөлімі және ересектерге арналған екінші кардиохирургия бөлімі, 2010 жылы интервенциялық кардиология бөлімі, 2012 жылы аритмология бөлімі ашылды. Қан айналымы жүйесі ауруларынан болатын өлім-жітімді төмендетудің стратегиялық мақсаттарын жүзеге асыра отырып, Орталық 2009 жылдан бастап елдің барлық кардиологиялық және кардиохирургиялық қызметтерін үйлестірді. "ҰҒМО" АҚ қызметкерлері жоғары технологиялар трансфертін және жаңа клиникалар үшін кадрлар даярлауды жүзеге асыра отырып, Қазақстанның барлық облыстарында және екі ірі қалада — Нұр-сұлтан мен Алматыда кардиоцентрлердің ашылуына жәрдемдесті. Біздің орталықтың мамандары Жедел коронарлық синдромы бар науқастарды басқару стандарттарын әзірледі және енгізді. 2012 жылдан бастап "ҰҒМО" АҚ-да ағзалар мен жасушаларды трансплантациялау бойынша операциялар орындалады, FDA шешімімен біздің орталық халықаралық зерттеулер жүргізу үшін қауіпсіз клиникалар базасына енгізілді. Сапалы медициналық қызмет көрсетудің маңыздылығын түсіне отырып, "ҰҒМО" АҚ әлемдік нарықта бәсекеге қабілетті болуға және басқару жүйесін дамыта және ұдайы жетілдіре отырып, өз саласындағы барлық халықаралық сапа стандарттарына сәйкес келуге ұмтылады. 2010 жылғы маусымда "ҰҒМО" АҚ "танылған кемелдік — 4 жұлдыз" деңгейіне, ал 2012 жылғы қарашада сертификатталды. — Еуропалық сапа менеджменті қорының (EFQM) моделінің "танылған жетілдіру-5 жұлдыз" деңгейіне. Бұдан басқа, "ҰҒМО" АҚ диагностикалық зертханалар үшін халықаралық стандарттарды енгізді: BIO-Rad (АҚШ) компаниясының EQAS сапасын сыртқы бағалау, медициналық ұйымдар үшін Ұлттық аккредиттеу стандарттары. Орталық алғашқылардың бірі болып ҚР Денсаулық сақтау және әлеуметтік даму министрлігінің аккредиттеу стандарттары бойынша Медициналық қызметтердің 98,7% сәйкестік нәтижесі бар сертификат алды.
2010 жылы серіктестік географиясын кеңейтетін телемедицина бөлімі ашылды, ал 2011 жылы корпоративті әлеуметтік жауапкершілік енгізілді.
2010 жылы Еуропалық іскерлік қоғамдастық пен Еуропалық Одақтың сауда-өнеркәсіп палатасы "ҰҒМО" АҚ-ны" медицина саласындағы еуропаның үздік кәсіпорны " деп танып, тиісті диплом тапсырды. 2012 жылы "ҰҒМО" АҚ Азиялық сапа сыйлығының (ANQ, Гонконг) иегері атанды, 2014 жылы медицина саласында жаңа технологияларды енгізгені үшін "Парыз" сыйлығына, үздік практика үшін Еуропалық марапатқа (Брюссель) және сапа үшін Еуропалық марапатқа (Италия) ие болды. Сол жылы орталық мамандары ішкі ағзалардың паразиттік ауруларын емдеуде HIFU терапиясын қолдану саласында жаңа зерттеулер ұсынды және "сапалы инновация үшін"Еуропалық сыйлығын алды.
Орталық Қазақстанның денсаулық сақтау және медицина ғылымының неғұрлым өзекті бағыттарын дамытады және енгізеді. Жоғары мамандандырылған медициналық көмектің бөлігі ретінде бағаналы жасушалардың әртүрлі түрлерін трансплантациялауды қолдану ішкі аурулар клиникасы мен хирургияның күрделі мәселелерін шешуге мүмкіндік береді. FDA (АҚШ) шешімімен "ҰҒМО" АҚ клиникалық халықаралық зерттеулер жүргізу үшін қауіпсіз клиникалар базасына енгізілді.
"ҰҒМО" АҚ-да тиімді корпоративтік басқару қағидаттары мен тетіктері қолданылады;
EFQM моделінің тұжырымдамалық тәсілдері мен критерийлеріне, процестік және жүйелік тәсілдерге негізделген интеграцияланған басқару жүйесі жұмыс істейді және бизнес процестер мақсаттар мен өнімділік көрсеткіштері бойынша басқарылады;
менеджмент үнемі жетілдіріліп отырады, MS ISO 9001, MS ISO 14001, OHSAS 18001, ISO 50001, ISO 31000, ISO 26000 және ISO 27000 талаптары біртіндеп енгізіліп, сертификатталған менеджмент ішкі жүйелерінің сәйкестігін сыртқы бағалау белгіленген тәртіппен жүзеге асырылады;
менеджмент бойынша да, кәсіп бойынша да білім сапасын үнемі арттыратын сапа идеяларына берілген білікті кадрлық әлеует, орталықтан 41 маман-Еуропалық сапа менеджменті қорында (EFQM, EOQ)сертификатталған;
Орталық Қазақстан Республикасы Денсаулық сақтау және әлеуметтік даму министрлігінің жүрек-қан тамырлары ауруларынан халықтың өлімін төмендету жөніндегі мемлекеттік бағдарламаны іске асыру жөніндегі негізгі стратегиялық серіктесі болып табылады. Оқу орталығы құрылды, жіті коронарлық синдром бойынша оқыту стандарттары әзірленді, жүрек және қан тамырлары ауруларынан болатын өлімді азайту стратегиясын іске асыру үшін Қазақстанның барлық өңірлерінен кардиолог дәрігерлерді оқыту жүргізілді.